Kokzidien sind neben E.coli die häufigsten Durchfallerreger des Saugferkels.Treten die durch E.coli - Bakterien verursachten Durchfälle häufig in den ersten Lebenstagen (Frühdurchfall) auf, so sind Kokzidiosen typischerweise in der 2. - 3. Lebenswoche gefährlich.
Kokzidien sind mikroskopisch kleine, einzellige Parasiten. Sie schmarotzen in den Zellen der Dünndarmzotten, wo sie sich massenhaft vermehren.
Das Ferkel infiziert sich durch Aufnahme der sogenannten Oozysten, das sind die infektiösen Formen der Kokzidien.
Der Zyklus von der Aufnahme einer Oozyste bis zur Ausscheidung neuer Oozysten beträgt nur etwa 5 Tage.

Durchfall als deutlichstes Symptom tritt bei Saugferkeln frühestens am Ende der ersten Lebenswoche auf, gehäuft zwischen 2. und 3. Woche.
Der Kot ist gelblich, pastös oder wässrig, stinkend und nicht blutig, die Sauglust der Ferkel bleibt erhalten.
Durch die mangelhafte Gewichtsentwicklung erkrankter Ferkel kommt es zum Auseinanderwachsen eines Wurfes.
Außerdem begünstigen die Schleimhautdefekte im Darm ein Eindringen von weiteren Krankheitserregern, die das Krankheitsbild noch verstärken.

Vorbeugende Maßnahmen zielen auf die Verbesserung der Hygiene im Abferkelstall ab.
Übertragungen von der Sau auf die Ferkel müssen unterbunden werden.
Wie beim Spulwurmbefall können Oozysten an der Haut der Zuchtsau mit in den Abferkelstall gelangen, deshalb ist ein gründliches Waschen der Sau notwendig.
Auch Fliegen können Kokzidienoozysten übertragen und sollten konsequent bekämpft werden!
Bei akuten Kokzidiosen sind Antibiotika und gängige Entwurmungsmittel größtenteils wirkungslos - zur Bekämpfung der Kokzidien werden spezielle Kokzidienmittel eingesetzt!
Als Unterstützung der Hygienemaßnahmen sind gegen Oozysten wirksame Desinfektionsmittel notwendig. Bei hochgradigem Befall soll auch die Muttersau behandelt werden.
Unterstützend müssen für die Ferkel Elektrolytlösungen angeboten werden, damit die Tiere den entstandenen Flüssigkeitsverlust ausgleichen können.

Oozysten können im Kot nachgewiesen werden. Sind typische Symptome einer Kokzidiose vorhanden, so reicht ein positiver Kotbefund für die Diagnose aus.
Werden keine Kokzidien gefunden, so kann eine Infektion dennoch nicht ausgeschlossen werden, da die Ausscheidung der Oozysten unregelmäßig erfolgt. Soll ein Bestand auf Kokzidien untersucht werden, empfehlen sich Sammelkotproben zur Diagnostik.